Contexte
Dans un contexte marqué par l’augmentation rapide de l’antibiorésistance, que l’Organisation mondiale de la santé identifie comme l’une des principales menaces pour la santé publique mondiale, la surveillance fine et réactive des agents pathogènes devient un enjeu majeur.
Les approches traditionnelles basées uniquement sur les profils phénotypiques de résistance atteignent aujourd’hui leurs limites et ne permettent plus de comprendre précisément les dynamiques de transmission, l’émergence de nouveaux clones, ni les phénomènes de diffusion entre établissements et régions.
Le séquençage du génome bactérien entier (Whole Genome Sequencing, WGS) constitue désormais l’outil de référence pour répondre à ces enjeux. Il permet de distinguer les transmissions clonales des diffusions non clonales de gènes de résistance, d’identifier précocement les clusters et les éclosions, et d’apporter une vision intégrée de l’épidémiologie bactérienne. Cependant, l’accès à ces technologies reste inégal, coûteux et complexe, en particulier pour les hôpitaux dépourvus de plateformes de séquençage ou de compétences bio-informatiques spécialisées.
Projet
Le projet COMTE (COntrôle Microbiologique Transfrontalier Européen) vise à développer une plateforme régionale de surveillance des bactéries multirésistantes. Cette surveillance par la génomique (séquençage de l’ADN bactérien) couplée à un outil numérique permettrait d’interroger très rapidement et efficacement si certaines souches bactériennes circulantes sont identiques d’un canton à l’autre ou de l’autre côté de la frontière, tout en permettant d’alerter les partenaires de soins, les services de contrôle de l’infection ainsi que les autorités sanitaires cantonales. Sur le plan opérationnel, ces infrastructures permettront également de raccourcir les délais de réponse en situation épidémique et d'optimiser la prise en charge et la prévention des infections acquises en milieu de soins. L’amélioration de la prévention et du contrôle des épidémies représente par ailleurs un gain économique direct et indirect pour les établissements de santé.
Ce projet est porté conjointement par les partenaires hospitalo-universitaires du CHU de Besançon en France (chef de file France), les Hôpitaux Universitaires de Genève (chef de file Suisse), le laboratoire Admed (Canton de Neuchâtel), l’Hôpital du Valais et Revault SàRL à Apples (Canton de Vaud).
Chefs de projet
Docteur Diego Andrey, Médecin adjoint agrégé, Service des maladies infectieuses, Département de médecine, Hôpitaux universitaires de Genève & Chargé de cours, Département de médecine, Faculté de médecine de l'Université de Genève
Professeur Stephan Harbarth, Médecin chef de service, Service de prévention et contrôle des infections, Direction médicale et qualité, Hôpitaux Universitaires de Genève & Professeur ordinaire, Département de médecine, Faculté de médecine de l' Université de Genève
